1b chemical space and mmp

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.22.5%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App()%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%201b%20%E2%80%94%20Chemical%20space%20embeddings%20%26%20MMP%20network%0A%0A%20%20%20%20Reads%20%60all_compounds_activity_data.csv%60%20(produced%20by%20**1a**)%20and%20the%20pre-computed%0A%20%20%20%20MMP%20pairs%20from%20%60all_compounds_mmp.mmp.csv.gz%60.%0A%0A%20%20%20%20Produces%3A%0A%20%20%20%20-%20UMAP%20and%20t-SNE%20scatter%20plots%20of%20the%20full%20chemical%20space%20coloured%20by%20dataset%20membership%0A%20%20%20%20-%20MMP%20network%20visualisation%20restricted%20to%20dose-response%2C%20counter-screen%2C%20and%20test%20compounds%0A%0A%20%20%20%20Static%20PNG%20outputs%20are%20saved%20to%20%60plots%2F1_sar_exploration%2F%60.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20polars%20as%20pl%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20numpy%20as%20np%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%20%20%20%20from%20pathlib%20import%20Path%0A%20%20%20%20from%20typing%20import%20Optional%0A%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.pyplot%20as%20plt%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.figure%0A%20%20%20%20from%20matplotlib.collections%20import%20LineCollection%0A%20%20%20%20from%20matplotlib.colors%20import%20LinearSegmentedColormap%0A%20%20%20%20import%20matplotlib.patches%20as%20mpatches%0A%0A%20%20%20%20import%20networkx%20as%20nx%0A%0A%20%20%20%20from%20sklearn.decomposition%20import%20PCA%0A%20%20%20%20from%20sklearn.manifold%20import%20TSNE%0A%20%20%20%20from%20umap%20import%20UMAP%0A%0A%20%20%20%20from%20rdkit%20import%20Chem%2C%20RDLogger%0A%20%20%20%20from%20rdkit.Chem%20import%20rdDepictor%2C%20CombineMols%0A%20%20%20%20from%20rdkit.Chem.Draw%20import%20rdMolDraw2D%0A%0A%20%20%20%20from%20skfp.fingerprints%20import%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ECFPFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MACCSFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20TopologicalTorsionFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20RDKitFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20AtomPairFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20AvalonFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MordredFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MQNsFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PubChemFingerprint%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20from%20skfp.preprocessing%20import%20ConformerGenerator%2C%20MolFromSmilesTransformer%0A%0A%0A%20%20%20%20RDLogger.DisableLog(%22rdApp.*%22)%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20AtomPairFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20AvalonFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Chem%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ConformerGenerator%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20ECFPFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20LineCollection%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20LinearSegmentedColormap%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MACCSFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MQNsFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MolFromSmilesTransformer%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20MordredFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Optional%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PCA%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20PubChemFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20RDKitFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20TSNE%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20TopologicalTorsionFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20UMAP%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mpatches%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20nx%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plt%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdDepictor%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdMolDraw2D%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20AtomPairFingerprint%2C%0A%20%20%20%20AvalonFingerprint%2C%0A%20%20%20%20ConformerGenerator%2C%0A%20%20%20%20ECFPFingerprint%2C%0A%20%20%20%20MACCSFingerprint%2C%0A%20%20%20%20MQNsFingerprint%2C%0A%20%20%20%20MolFromSmilesTransformer%2C%0A%20%20%20%20MordredFingerprint%2C%0A%20%20%20%20PubChemFingerprint%2C%0A%20%20%20%20RDKitFingerprint%2C%0A%20%20%20%20TopologicalTorsionFingerprint%2C%0A%20%20%20%20pl%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20_fp_dict%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22ecfp%22%3A%20%20%20%20%20ECFPFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22morgan%22%3A%20%20%20ECFPFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22maccs%22%3A%20%20%20%20MACCSFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22torsion%22%3A%20%20TopologicalTorsionFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22rdkit%22%3A%20%20%20%20RDKitFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22atompair%22%3A%20AtomPairFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22avalon%22%3A%20%20%20AvalonFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mordred%22%3A%20%20MordredFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22mqn%22%3A%20%20%20%20%20%20MQNsFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22pubchem%22%3A%20%20PubChemFingerprint%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20generate_fingerprint(df%3A%20pl.DataFrame%2C%20fingerprint_type%3A%20str%2C%20**kwargs)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Generate%20molecular%20fingerprints%20using%20scikit-fingerprints%20and%20add%20them%20as%20a%20column.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Args%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20Polars%20DataFrame%20containing%20a%20%22smiles%22%20column.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fingerprint_type%3A%20One%20of%20the%20supported%20types%20(ecfp%2Fmorgan%2C%20maccs%2C%20torsion%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20rdkit%2C%20atompair%2C%20avalon%2C%20mordred%2C%20mqn%2C%20pubchem).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20**kwargs%3A%20Additional%20keyword%20arguments%20forwarded%20to%20the%20skfp%20fingerprint%20class.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20DataFrame%20with%20an%20added%20column%20named%20after%20fingerprint_type.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20fingerprint_type%20not%20in%20_fp_dict%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Fingerprint%20type%20not%20recognised%3A%20%7Bfingerprint_type!r%7D.%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22Valid%20values%3A%20%7Blist(_fp_dict.keys())%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fp_func%20%3D%20_fp_dict%5Bfingerprint_type%5D(**kwargs)%20if%20kwargs%20else%20_fp_dict%5Bfingerprint_type%5D()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20fp_func.requires_conformers%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mol_from_smiles%20%3D%20MolFromSmilesTransformer()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20conf_gen%20%3D%20ConformerGenerator()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mols_list%20%3D%20mol_from_smiles.transform(df.get_column(%22smiles%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mols_list%20%3D%20conf_gen.transform(mols_list)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mols_list%20%3D%20df.get_column(%22smiles%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fps%20%3D%20fp_func.transform(mols_list)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df.with_columns(pl.Series(values%3Dfps%2C%20name%3Dfingerprint_type))%0A%0A%20%20%20%20return%20(generate_fingerprint%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(PCA%2C%20TSNE%2C%20UMAP%2C%20np%2C%20pl)%3A%0A%20%20%20%20def%20add_tsne_columns(df%3A%20pl.DataFrame%2C%20fp_column%3A%20str%20%3D%20%22ecfp%22)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Adds%20TSNE_x%20and%20TSNE_y%20columns%20using%20PCA%20pre-reduction%20followed%20by%20t-SNE.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Args%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20DataFrame%20containing%20the%20fingerprint%20column.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fp_column%3A%20Name%20of%20the%20fingerprint%20array%20column.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20DataFrame%20with%20TSNE_x%20and%20TSNE_y%20columns%20added.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fp_array%20%3D%20np.vstack(df%5Bfp_column%5D.to_list())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_samples%20%3D%20fp_array.shape%5B0%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20n_samples%20%3C%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.lit(float(%22nan%22)).alias(%22TSNE_x%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.lit(float(%22nan%22)).alias(%22TSNE_y%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_pca_components%20%3D%20min(50%2C%20n_samples%20-%201)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pca%20%3D%20PCA(n_components%3Dn_pca_components%2C%20random_state%3D42)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fp_reduced%20%3D%20pca.fit_transform(fp_array)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20perplexity%20%3D%20min(30.0%2C%20float(n_samples%20-%201))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tsne%20%3D%20TSNE(n_components%3D2%2C%20random_state%3D42%2C%20perplexity%3Dperplexity%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20init%3D%22pca%22%2C%20learning_rate%3D%22auto%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tsne_results%20%3D%20tsne.fit_transform(fp_reduced)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(name%3D%22TSNE_x%22%2C%20values%3Dtsne_results%5B%3A%2C%200%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(name%3D%22TSNE_y%22%2C%20values%3Dtsne_results%5B%3A%2C%201%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%0A%20%20%20%20def%20add_umap_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fp_column%3A%20str%20%3D%20%22ecfp%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_neighbors%3A%20int%20%3D%2015%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20min_dist%3A%20float%20%3D%200.1%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20metric%3A%20str%20%3D%20%22euclidean%22%2C%0A%20%20%20%20)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Adds%20UMAP_x%20and%20UMAP_y%20columns%20using%20UMAP%20dimensionality%20reduction.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Args%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20DataFrame%20containing%20the%20fingerprint%20column.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fp_column%3A%20Name%20of%20the%20fingerprint%20array%20column.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_neighbors%3A%20Controls%20local%20vs.%20global%20structure%20trade-off.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_dist%3A%20Controls%20how%20tightly%20points%20are%20packed.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metric%3A%20Distance%20metric%20(euclidean%2C%20cosine%2C%20jaccard).%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20DataFrame%20with%20UMAP_x%20and%20UMAP_y%20columns%20added.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fp_array%20%3D%20np.vstack(df%5Bfp_column%5D.to_list())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20n_samples%20%3D%20fp_array.shape%5B0%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20n_samples%20%3C%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.lit(float(%22nan%22)).alias(%22UMAP_x%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.lit(float(%22nan%22)).alias(%22UMAP_y%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20umap%20%3D%20UMAP(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_components%3D2%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20n_neighbors%3Dmin(n_neighbors%2C%20n_samples%20-%201)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20min_dist%3Dmin_dist%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20metric%3Dmetric%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20random_state%3D42%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20umap_results%20%3D%20umap.fit_transform(fp_array)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(name%3D%22UMAP_x%22%2C%20values%3Dumap_results%5B%3A%2C%200%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(name%3D%22UMAP_y%22%2C%20values%3Dumap_results%5B%3A%2C%201%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20return%20add_tsne_columns%2C%20add_umap_columns%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20LinearSegmentedColormap%2C%0A%20%20%20%20Optional%2C%0A%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20add_tsne_columns%2C%0A%20%20%20%20add_umap_columns%2C%0A%20%20%20%20generate_fingerprint%2C%0A%20%20%20%20mpatches%2C%0A%20%20%20%20pl%2C%0A%20%20%20%20plt%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20generate_embedding_plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x_col%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y_col%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_col%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cutoff_value%3A%20Optional%5Bfloat%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x_title%3A%20str%20%3D%20%22X%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y_title%3A%20str%20%3D%20%22Y%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fp_column%3A%20str%20%3D%20%22ecfp%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20method%3A%20str%20%3D%20%22tsne%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20umap_metric%3A%20str%20%3D%20%22euclidean%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_legend%3A%20Optional%5Bdict%5Bstr%2C%20str%5D%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_loc%3A%20str%20%3D%20%22best%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_path%3A%20Optional%5Bstr%20%7C%20Path%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dpi%3A%20int%20%3D%20300%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20figsize%3A%20tuple%5Bfloat%2C%20float%5D%20%3D%20(8.0%2C%207.0)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20point_size%3A%20float%20%3D%2018.0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alpha%3A%20float%20%3D%200.8%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cmap%3A%20str%20%3D%20%22viridis%22%2C%0A%20%20%20%20)%20-%3E%20%22matplotlib.figure.Figure%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Generate%20a%202D%20scatter%20plot%20of%20a%20molecular%20embedding.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Fingerprint%20and%20embedding%20columns%20are%20computed%20on%20demand%20if%20absent.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Args%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%3A%20Polars%20DataFrame%20with%20molecule%20data.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x_col%3A%20Column%20name%20for%20the%20x-axis%20coordinate.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y_col%3A%20Column%20name%20for%20the%20y-axis%20coordinate.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color_col%3A%20Optional%20column%20for%20point%20colour.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cutoff_value%3A%20When%20set%20alongside%20color_col%2C%20splits%20points%20into%20two%20classes.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x_title%3A%20x-axis%20label.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y_title%3A%20y-axis%20label.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fp_column%3A%20Fingerprint%20column%3B%20computed%20via%20generate_fingerprint%20if%20absent.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20method%3A%20Embedding%20method%20%E2%80%94%20%22tsne%22%20or%20%22umap%22.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20umap_metric%3A%20Distance%20metric%20passed%20to%20UMAP.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3A%20Optional%20plot%20title.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color_legend%3A%20Dict%20mapping%20hex%20colour%20strings%20to%20legend%20labels.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_loc%3A%20Legend%20location%20string%20(matplotlib%20convention).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20save_path%3A%20If%20given%2C%20saves%20the%20figure%20here.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dpi%3A%20Resolution%20for%20raster%20output%20(default%20300).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20figsize%3A%20Figure%20dimensions%20in%20inches.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20point_size%3A%20Scatter%20point%20size%20in%20points%C2%B2.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alpha%3A%20Point%20opacity%20(0%E2%80%931).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cmap%3A%20Matplotlib%20colourmap%20name%20or%20%22ryg%22%20for%20red-yellow-green.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20matplotlib.figure.Figure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20fp_column%20not%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20generate_fingerprint(df%2C%20fp_column)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20x_col%20not%20in%20df.columns%20or%20y_col%20not%20in%20df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20method%20%3D%3D%20%22umap%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20add_umap_columns(df%2C%20fp_column%2C%20metric%3Dumap_metric)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20add_tsne_columns(df%2C%20fp_column)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%20Matplotlib%20path%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%20%3D%20df%5Bx_col%5D.to_numpy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%20%3D%20df%5By_col%5D.to_numpy()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20plt.style.context(%22seaborn-v0_8-whitegrid%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3Dfigsize%2C%20dpi%3Ddpi)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20color_col%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw%20%3D%20df%5Bcolor_col%5D.to_numpy()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20is_color_string%20%3D%20df%5Bcolor_col%5D.dtype%20%3D%3D%20pl.Utf8%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20is_color_string%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.scatter(x%2C%20y%2C%20c%3Draw%2C%20s%3Dpoint_size%2C%20linewidths%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20color_legend%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20handles%3D%5Bmpatches.Patch(color%3Dhex_%2C%20label%3Dlabel)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20hex_%2C%20label%20in%20color_legend.items()%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20loc%3Dlegend_loc%2C%20frameon%3DTrue%2C%20fontsize%3D10%2C%20markerscale%3D1.5%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20cutoff_value%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20values%20%3D%20raw.astype(float)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.scatter(x%5Bvalues%20%3E%20cutoff_value%5D%2C%20y%5Bvalues%20%3E%20cutoff_value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c%3D%22red%22%2C%20s%3Dpoint_size%2C%20alpha%3Dalpha%2C%20linewidths%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%7Bcolor_col%7D%20%3E%20%7Bcutoff_value%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.scatter(x%5Bvalues%20%3C%3D%20cutoff_value%5D%2C%20y%5Bvalues%20%3C%3D%20cutoff_value%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c%3D%22steelblue%22%2C%20s%3Dpoint_size%2C%20alpha%3Dalpha%2C%20linewidths%3D0%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20label%3Df%22%7Bcolor_col%7D%20%E2%89%A4%20%7Bcutoff_value%7D%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend(frameon%3DTrue%2C%20fontsize%3D11%2C%20markerscale%3D1.5)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20values%20%3D%20raw.astype(float)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_cmap%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20LinearSegmentedColormap.from_list(%22ryg%22%2C%20%5B%22%23d73027%22%2C%20%22%23fee08b%22%2C%20%22%231a9850%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20cmap%20%3D%3D%20%22ryg%22%20else%20cmap%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sc%20%3D%20ax.scatter(x%2C%20y%2C%20c%3Dvalues%2C%20cmap%3D_cmap%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s%3Dpoint_size%2C%20alpha%3Dalpha%2C%20linewidths%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cbar%20%3D%20fig.colorbar(sc%2C%20ax%3Dax%2C%20pad%3D0.02)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cbar.set_label(color_col%2C%20fontsize%3D12)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cbar.ax.tick_params(labelsize%3D10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.scatter(x%2C%20y%2C%20c%3D%22steelblue%22%2C%20s%3Dpoint_size%2C%20alpha%3Dalpha%2C%20linewidths%3D0)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_xlabel(x_title%2C%20fontsize%3D14%2C%20labelpad%3D8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_ylabel(y_title%2C%20fontsize%3D14%2C%20labelpad%3D8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.tick_params(axis%3D%22both%22%2C%20labelsize%3D11)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20title%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_title(title%2C%20fontsize%3D16%2C%20pad%3D12)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.tight_layout()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20save_path%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.savefig(Path(save_path)%2C%20dpi%3Ddpi%2C%20bbox_inches%3D%22tight%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20return%20(generate_embedding_plot%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(%0A%20%20%20%20LineCollection%2C%0A%20%20%20%20LinearSegmentedColormap%2C%0A%20%20%20%20Optional%2C%0A%20%20%20%20Path%2C%0A%20%20%20%20mpatches%2C%0A%20%20%20%20np%2C%0A%20%20%20%20nx%2C%0A%20%20%20%20pl%2C%0A%20%20%20%20plt%2C%0A)%3A%0A%20%20%20%20def%20_run_graph_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20node_ids%3A%20list%5Bstr%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edges_df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layout%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20iterations%3A%20int%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20seed%3A%20int%20%3D%2042%2C%0A%20%20%20%20)%20-%3E%20dict%5Bstr%2C%20np.ndarray%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Build%20a%20networkx%20graph%20and%20compute%20a%202D%20force-directed%20layout.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Multi-component%20graphs%20are%20laid%20out%20component-by-component%20and%20then%0A%20%20%20%20%20%20%20%20packed%20into%20a%20grid%20so%20clusters%20are%20spatially%20separated.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Args%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20node_ids%3A%20All%20molecule%20identifiers.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edges_df%3A%20DataFrame%20with%20ID1%20and%20ID2%20columns%20(and%20optional%20weight).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20layout%3A%20%22fruchterman_reingold%22%20or%20%22kamada_kawai%22.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20iterations%3A%20FR%20iteration%20count.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20seed%3A%20Random%20seed%20for%20reproducible%20FR%20layout.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Dict%20mapping%20node_id%20%E2%86%92%20(x%2C%20y)%20position%20array.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g%20%3D%20nx.Graph()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20g.add_nodes_from(node_ids)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20weight_col%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22similarity%22%20in%20edges_df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20weight_col%20%3D%20%22similarity%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20%22CoreSize%22%20in%20edges_df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_core%20%3D%20edges_df%5B%22CoreSize%22%5D.max()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20max_core%20and%20max_core%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edges_df%20%3D%20edges_df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(pl.col(%22CoreSize%22)%20%2F%20max_core).alias(%22_weight%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20weight_col%20%3D%20%22_weight%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20edges_df.iter_rows(named%3DTrue)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20w%20%3D%20float(row%5Bweight_col%5D)%20if%20weight_col%20else%201.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g.add_edge(row%5B%22ID1%22%5D%2C%20row%5B%22ID2%22%5D%2C%20weight%3Dw)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20components%20%3D%20list(nx.connected_components(g))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(components)%20%3D%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20layout%20%3D%3D%20%22kamada_kawai%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw%20%3D%20nx.kamada_kawai_layout(g%2C%20weight%3D%22weight%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raw%20%3D%20nx.fruchterman_reingold_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20g%2C%20weight%3D%22weight%22%2C%20seed%3Dseed%2C%20iterations%3Diterations%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7Bnode%3A%20np.array(pos)%20for%20node%2C%20pos%20in%20raw.items()%7D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20from%20tqdm%20import%20tqdm%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sorted_components%20%3D%20sorted(components%2C%20key%3Dlen%2C%20reverse%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sub_layouts%3A%20list%5Btuple%5Blist%5Bstr%5D%2C%20np.ndarray%2C%20float%5D%5D%20%3D%20%5B%5D%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20component%20in%20tqdm(sorted_components%2C%20desc%3D%22Laying%20out%20components%22%2C%20unit%3D%22component%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20subg%20%3D%20g.subgraph(component)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20len(component)%20%3D%3D%201%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sub_pos%20%3D%20%7Bnext(iter(component))%3A%20np.array(%5B0.0%2C%200.0%5D)%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20layout%20%3D%3D%20%22kamada_kawai%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sub_pos%20%3D%20nx.kamada_kawai_layout(subg%2C%20weight%3D%22weight%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sub_pos%20%3D%20nx.fruchterman_reingold_layout(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20subg%2C%20weight%3D%22weight%22%2C%20seed%3Dseed%2C%20iterations%3Diterations%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20coords%20%3D%20np.array(list(sub_pos.values()))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20coords.ptp(axis%3D0).min()%20%3E%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20coords%20%3D%20(coords%20-%20coords.min(axis%3D0))%20%2F%20coords.ptp(axis%3D0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20coords%20%3D%20np.zeros_like(coords)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%20%3D%20np.sqrt(len(component))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sub_layouts.append((list(sub_pos.keys())%2C%20coords%2C%20scale))%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20total_area%20%3D%20sum(s%20**%202%20for%20_%2C%20_%2C%20s%20in%20sub_layouts)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20target_row_width%20%3D%20np.sqrt(total_area)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%20%3D%200.15%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20all_positions%3A%20dict%5Bstr%2C%20np.ndarray%5D%20%3D%20%7B%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20cursor_x%2C%20cursor_y%2C%20row_height%20%3D%200.0%2C%200.0%2C%200.0%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20nodes%2C%20coords%2C%20scale%20in%20sub_layouts%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20w%20%3D%20scale%20*%20(1%20%2B%20gap)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20cursor_x%20%3E%200%20and%20cursor_x%20%2B%20scale%20%3E%20target_row_width%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cursor_x%20%3D%200.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cursor_y%20%2B%3D%20row_height%20%2B%20gap%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20row_height%20%3D%200.0%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20offset%20%3D%20np.array(%5Bcursor_x%2C%20cursor_y%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20node%2C%20xy%20in%20zip(nodes%2C%20coords%20*%20scale)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20all_positions%5Bnode%5D%20%3D%20xy%20%2B%20offset%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cursor_x%20%2B%3D%20w%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20row_height%20%3D%20max(row_height%2C%20scale)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20all_positions%0A%0A%20%20%20%20_RYG_COLORS%20%3D%20%5B%22%23d73027%22%2C%20%22%23fee08b%22%2C%20%22%231a9850%22%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20generate_similarity_network(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20molecules_df%3A%20pl.DataFrame%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20id_col%3A%20str%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_col%3A%20str%20%3D%20%22smiles%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20property_col%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edges_df%3A%20Optional%5Bpl.DataFrame%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20similarity_threshold%3A%20float%20%3D%200.4%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layout%3A%20str%20%3D%20%22fruchterman_reingold%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20layout_iterations%3A%20int%20%3D%20100%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20node_size%3A%20int%20%3D%20200%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edge_opacity%3A%20float%20%3D%200.35%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20max_edges%3A%20Optional%5Bint%5D%20%3D%205000%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20property_title%3A%20Optional%5Bstr%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_legend%3A%20Optional%5Bdict%5Bstr%2C%20str%5D%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_loc%3A%20str%20%3D%20%22lower%20center%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20legend_ncols%3A%20int%20%3D%204%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_path%3A%20Optional%5Bstr%20%7C%20Path%5D%20%3D%20None%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dpi%3A%20int%20%3D%20300%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20figsize%3A%20tuple%5Bfloat%2C%20float%5D%20%3D%20(8.0%2C%207.0)%2C%0A%20%20%20%20)%20-%3E%20%22matplotlib.figure.Figure%22%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Generate%20a%20molecular%20similarity%20network.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Nodes%20represent%20molecules%3B%20edges%20connect%20structurally%20related%20pairs%20(from%0A%20%20%20%20%20%20%20%20a%20pre-computed%20MMP%20edge%20list%20or%20pairwise%20fingerprint%20similarity).%20%20Node%0A%20%20%20%20%20%20%20%20colour%20encodes%20an%20optional%20numeric%20property%20(red%20%E2%86%92%20yellow%20%E2%86%92%20green).%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Args%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20molecules_df%3A%20DataFrame%20with%20molecule%20data.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20id_col%3A%20Column%20with%20unique%20molecule%20identifiers.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20smiles_col%3A%20Column%20containing%20SMILES%20strings.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20property_col%3A%20Optional%20numeric%20or%20hex-colour%20column%20for%20node%20colour.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edges_df%3A%20Pre-computed%20edge%20list%20with%20ID1%20and%20ID2%20columns.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20similarity_threshold%3A%20Minimum%20similarity%20when%20edges_df%20is%20None.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20layout%3A%20%22fruchterman_reingold%22%20or%20%22kamada_kawai%22.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20layout_iterations%3A%20FR%20layout%20iteration%20count.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20node_size%3A%20Marker%20area%20in%20points%C2%B2.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edge_opacity%3A%20Edge%20line%20opacity%20(0%E2%80%931).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20max_edges%3A%20Maximum%20edges%20to%20render%20(top-N%20by%20weight).%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3A%20Optional%20plot%20title.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20property_title%3A%20Colourbar%2Flegend%20label.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color_legend%3A%20Dict%20of%20hex%E2%86%92label%20pairs%20for%20categorical%20colour%20columns.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_loc%3A%20Legend%20position%20string.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_ncols%3A%20Number%20of%20legend%20columns.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20save_path%3A%20If%20given%2C%20saves%20the%20figure%20here.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20dpi%3A%20Resolution%20for%20raster%20output.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20figsize%3A%20Figure%20dimensions%20in%20inches.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Returns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20matplotlib.figure.Figure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20id_col%20not%20in%20molecules_df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22id_col%20%7Bid_col!r%7D%20not%20found%20in%20molecules_df%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20smiles_col%20not%20in%20molecules_df.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20raise%20ValueError(f%22smiles_col%20%7Bsmiles_col!r%7D%20not%20found%20in%20molecules_df%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20node_ids%3A%20list%5Bstr%5D%20%3D%20molecules_df%5Bid_col%5D.cast(pl.Utf8).to_list()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20node_id_set%20%3D%20set(node_ids)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20resolved_edges%20%3D%20edges_df.filter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22ID1%22).cast(pl.Utf8).is_in(node_id_set)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%26%20pl.col(%22ID2%22).cast(pl.Utf8).is_in(node_id_set)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20max_edges%20is%20not%20None%20and%20len(resolved_edges)%20%3E%20max_edges%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20%22similarity%22%20in%20resolved_edges.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20resolved_edges%20%3D%20resolved_edges.sort(%22similarity%22%2C%20descending%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20%22CoreSize%22%20in%20resolved_edges.columns%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20resolved_edges%20%3D%20resolved_edges.sort(%22CoreSize%22%2C%20descending%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20print(f%22Warning%3A%20keeping%20top%20%7Bmax_edges%7D%20edges%20by%20weight.%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20resolved_edges%20%3D%20resolved_edges.head(max_edges)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20positions%20%3D%20_run_graph_layout(node_ids%2C%20resolved_edges%2C%20layout%2C%20layout_iterations)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20node_x%20%3D%20%5Bfloat(positions%5Bnid%5D%5B0%5D)%20for%20nid%20in%20node_ids%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20node_y%20%3D%20%5Bfloat(positions%5Bnid%5D%5B1%5D)%20for%20nid%20in%20node_ids%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20colorbar_title%20%3D%20property_title%20if%20property_title%20is%20not%20None%20else%20property_col%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20is_color_string%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20property_col%20is%20not%20None%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20and%20property_col%20in%20molecules_df.columns%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20and%20molecules_df%5Bproperty_col%5D.dtype%20%3D%3D%20pl.Utf8%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20%E2%94%80%E2%94%80%20Matplotlib%20path%20%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%E2%94%80%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edge_segments%20%3D%20%5B%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20row%20in%20resolved_edges.iter_rows(named%3DTrue)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20id1%2C%20id2%20%3D%20str(row%5B%22ID1%22%5D)%2C%20str(row%5B%22ID2%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x0%2C%20y0%20%3D%20positions%5Bid1%5D%3B%20x1%2C%20y1%20%3D%20positions%5Bid2%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edge_segments.append(%5B(float(x0)%2C%20float(y0))%2C%20(float(x1)%2C%20float(y1))%5D)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20with%20plt.style.context(%22seaborn-v0_8-whitegrid%22)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig%2C%20ax%20%3D%20plt.subplots(figsize%3Dfigsize%2C%20dpi%3Ddpi)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20lc%20%3D%20LineCollection(edge_segments%2C%20colors%3D%5B(0.5%2C%200.5%2C%200.5%2C%20edge_opacity)%5D%2C%20linewidths%3D0.8)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.add_collection(lc)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20node_x_arr%20%3D%20np.array(node_x)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20node_y_arr%20%3D%20np.array(node_y)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20is_color_string%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.scatter(node_x_arr%2C%20node_y_arr%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c%3Dmolecules_df%5Bproperty_col%5D.to_numpy()%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20s%3Dnode_size%2C%20linewidths%3D0.8%2C%20edgecolors%3D%22white%22%2C%20zorder%3D2)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20color_legend%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_handles%20%3D%20%5Bmpatches.Patch(color%3Dhex_%2C%20label%3Dlabel)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20hex_%2C%20label%20in%20color_legend.items()%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_outside%20%3D%20legend_loc%20in%20(%22lower%20center%22%2C%20%22upper%20center%22%2C%20%22center%20left%22%2C%20%22center%20right%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_anchor%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22lower%20center%22%3A%20(0.5%2C%20-0.08)%2C%20%22upper%20center%22%3A%20(0.5%2C%201.08)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22center%20left%22%3A%20(-0.08%2C%200.5)%2C%20%22center%20right%22%3A%20(1.08%2C%200.5)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7D.get(legend_loc)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.legend(handles%3D_handles%2C%20loc%3Dlegend_loc%2C%20bbox_to_anchor%3D_anchor%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ncols%3Dlegend_ncols%2C%20frameon%3DTrue%2C%20fontsize%3D10%2C%20borderaxespad%3D0.0)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_outside%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.tight_layout()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20elif%20property_col%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ryg_cmap%20%3D%20LinearSegmentedColormap.from_list(%22ryg%22%2C%20_RYG_COLORS)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20sc%20%3D%20ax.scatter(node_x_arr%2C%20node_y_arr%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20c%3Dmolecules_df%5Bproperty_col%5D.to_numpy().astype(float)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cmap%3Dryg_cmap%2C%20s%3Dnode_size%2C%20linewidths%3D0.8%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20edgecolors%3D%22white%22%2C%20zorder%3D2)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cbar%20%3D%20fig.colorbar(sc%2C%20ax%3Dax%2C%20pad%3D0.02)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cbar.set_label(colorbar_title%2C%20fontsize%3D12)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20cbar.ax.tick_params(labelsize%3D10)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.scatter(node_x_arr%2C%20node_y_arr%2C%20c%3D%22steelblue%22%2C%20s%3Dnode_size%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20linewidths%3D0.8%2C%20edgecolors%3D%22white%22%2C%20zorder%3D2)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.autoscale_view()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_axis_off()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20if%20title%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ax.set_title(title%2C%20fontsize%3D16%2C%20pad%3D12)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.tight_layout()%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20save_path%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20fig.savefig(Path(save_path)%2C%20dpi%3Ddpi%2C%20bbox_inches%3D%22tight%22)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20fig%0A%0A%20%20%20%20return%20(generate_similarity_network%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Load%20data%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pl)%3A%0A%20%20%20%20all_compounds%20%3D%20pl.read_csv(%22..%2Fdata%2Fprocessed%2Fall_compounds_activity_data.csv%22)%0A%20%20%20%20mmp_raw%20%3D%20pl.read_csv(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22..%2Fdata%2Fprocessed%2Fall_compounds_mmp.mmp.csv.gz%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20separator%3D%22%5Ct%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20has_header%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20new_columns%3D%5B%22smiles1%22%2C%20%22smiles2%22%2C%20%22ID1%22%2C%20%22ID2%22%2C%20%22transform%22%2C%20%22core%22%5D%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20all_compounds%0A%20%20%20%20return%20all_compounds%2C%20mmp_raw%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Filter%20MMP%20pairs%0A%0A%20%20%20%20Keep%20only%20pairs%20where%20the%20variable%20section%20is%20smaller%20than%20the%0A%20%20%20%20common%20core%20(core_transform_ratio%20%3C%201.0).%20This%20is%20a%20pretty%20broad%20definition%0A%20%20%20%20of%20an%20MMP.%20If%20the%20dataset%20contains%20larger%20set%20of%20structurally%20similar%20analogs%2C%0A%20%20%20%20I%20would%20set%20the%20ratio%20anywhere%20from%200.5%20to%200.2%20and%20maybe%20also%20restrict%20the%20size%0A%20%20%20%20of%20the%20variable%20section%20further.%20However%2C%20in%20this%20dataset%20we%20have%20a%20very%20diverse%0A%20%20%20%20set%20and%20we%20generate%20few%20enough%20MMPs%20with%20the%20more%20relaxed%20constraints%20as%20it%20is.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Chem%2C%20mmp_raw%2C%20pl)%3A%0A%20%20%20%20_n_ha1%2C%20_n_ha2%2C%20_n_ha_core%2C%20_n_ha_frag1%2C%20_n_ha_frag2%20%3D%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%2C%20%5B%5D%0A%20%20%20%20for%20_s1%2C%20_s2%2C%20_core%2C%20_transform%20in%20mmp_raw.select(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%22smiles1%22%2C%20%22smiles2%22%2C%20%22core%22%2C%20%22transform%22%5D%0A%20%20%20%20).iter_rows()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_lhs%2C%20_rhs%20%3D%20_transform.split(%22%3E%3E%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_m_lhs%20%3D%20Chem.MolFromSmiles(_lhs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_m_rhs%20%3D%20Chem.MolFromSmiles(_rhs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_ha1.append(Chem.MolFromSmiles(_s1).GetNumHeavyAtoms())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_ha2.append(Chem.MolFromSmiles(_s2).GetNumHeavyAtoms())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_ha_core.append(Chem.MolFromSmiles(_core).GetNumHeavyAtoms())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_ha_frag1.append(_m_lhs.GetNumHeavyAtoms()%20if%20_m_lhs%20else%20None)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_n_ha_frag2.append(_m_rhs.GetNumHeavyAtoms()%20if%20_m_rhs%20else%20None)%0A%0A%20%20%20%20mmp_df_filtered%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mmp_raw%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(%22n_ha1%22%2C%20%20%20%20%20_n_ha1%2C%20%20%20%20%20dtype%3Dpl.Int32)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(%22n_ha2%22%2C%20%20%20%20%20_n_ha2%2C%20%20%20%20%20dtype%3Dpl.Int32)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(%22n_ha_core%22%2C%20_n_ha_core%2C%20dtype%3Dpl.Int32)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(%22n_ha_frag1%22%2C_n_ha_frag1%2Cdtype%3Dpl.Int32)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(%22n_ha_frag2%22%2C_n_ha_frag2%2Cdtype%3Dpl.Int32)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(abs(pl.col(%22n_ha_frag1%22)%20-%20pl.col(%22n_ha_frag2%22))).alias(%22size_diff_transform%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(pl.max_horizontal(%22n_ha_frag1%22%2C%20%22n_ha_frag2%22)%20%2F%20pl.col(%22n_ha_core%22)).alias(%22core_transform_ratio%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.filter(pl.col(%22core_transform_ratio%22)%20%3C%201.0)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20mmp_df_filtered%0A%20%20%20%20return%20(mmp_df_filtered%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(add_tsne_columns%2C%20add_umap_columns%2C%20generate_fingerprint%2C%20pl)%3A%0A%20%20%20%20def%20prepare_for_plotting(df%3A%20pl.DataFrame)%20-%3E%20pl.DataFrame%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Compute%20ECFP6%20fingerprints%2C%20t-SNE%20and%20UMAP%20embeddings%20in%20one%20pass.%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Uses%20ECFP6%20(radius%3D3%2C%204096-bit%2C%20chirality-aware%2C%20count-based)%20with%0A%20%20%20%20%20%20%20%20Jaccard%20distance%20for%20UMAP%20to%20approximate%20Tanimoto%20similarity.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20generate_fingerprint(df%2C%20%22ecfp%22%2C%20fp_size%3D4096%2C%20radius%3D3%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20include_chirality%3DTrue%2C%20count%3DTrue)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20add_tsne_columns(df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20df%20%3D%20add_umap_columns(df%2C%20metric%3D%22jaccard%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20df%0A%0A%20%20%20%20return%20(prepare_for_plotting%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(all_compounds%2C%20prepare_for_plotting)%3A%0A%20%20%20%20plot_df%20%3D%20prepare_for_plotting(all_compounds)%0A%20%20%20%20plot_df%0A%20%20%20%20return%20(plot_df%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(pl%2C%20plot_df)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Priority%20order%20(highest%20wins)%3A%20test%20%3E%20counter%20%3E%20dose-response%20%3E%20single-dose%20only%0A%20%20%20%20plot_df_colored%20%3D%20plot_df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.when(pl.col(%22in_test%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.then(pl.lit(%22%231a7a4a%22))%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20dark%20green%20%20%E2%80%94%20test%20set%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.when(pl.col(%22in_counter%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.then(pl.lit(%22%231a3a6b%22))%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20dark%20blue%20%20%20%E2%80%94%20counter%20screen%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.when(pl.col(%22in_dose_response%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.then(pl.lit(%22%236baed6%22))%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20light%20blue%20%20%E2%80%94%20dose%20response%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.otherwise(pl.lit(%22%23c0c0c080%22))%20%20%20%23%20light%20grey%2050%25%20transparent%20%E2%80%94%20single%20dose%20only%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.alias(%22color%22)%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20plot_df_colored%0A%20%20%20%20return%20(plot_df_colored%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20UMAP%20chemical%20space%20(coloured%20by%20dataset)%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(generate_embedding_plot%2C%20plot_df_colored)%3A%0A%20%20%20%20_legend%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23c0c0c080%22%3A%20%22Single%20dose%20only%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%236baed6%22%3A%20%20%20%22Dose%20response%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%231a3a6b%22%3A%20%20%20%22Counter%20screen%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%231a7a4a%22%3A%20%20%20%22Test%20set%22%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20generate_embedding_plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_df_colored%2C%20x_col%3D%22UMAP_x%22%2C%20y_col%3D%22UMAP_y%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_col%3D%22color%22%2C%20point_size%3D6%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22UMAP%20ECFP6%20Chemical%20Space%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_legend%3D_legend%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_path%3D%22..%2Fplots%2F1_sar_exploration%2Fumap_ecfp6_chemical_space.png%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20We%20see%20very%20little%20structure%20in%20the%20UMAP.%0A%20%20%20%20There%20are%20no%20large%20distinct%20clusters%20that%20might%20suggest%20structurally%20distinct%0A%20%20%20%20series%20of%20compounds.%0A%20%20%20%20Training%20compounds%20are%20very%20spread%20out%2C%20which%20shows%20many%20different%20chemical%20structures%0A%20%20%20%20where%20progressed%20to%20dose%20response.%0A%20%20%20%20Without%20a%20more%20detailed%20pEC50%20labelling%20it%20is%20difficult%20to%20show%20whether%20highly%20active%20compounds%0A%20%20%20%20are%20also%20broadly%20distributed.%0A%20%20%20%20We%20also%20see%20test%20compounds%20are%20broadly%20distributed%2C%20although%20they%20often%20come%0A%20%20%20%20in%20clumps%20organized%20through%20the%20periphery%20of%20the%20large%20blob.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20t-SNE%20chemical%20space%20(coloured%20by%20dataset)%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(generate_embedding_plot%2C%20plot_df_colored)%3A%0A%20%20%20%20_legend%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23c0c0c080%22%3A%20%22Single%20dose%20only%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%236baed6%22%3A%20%20%20%22Dose%20response%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%231a3a6b%22%3A%20%20%20%22Counter%20screen%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%231a7a4a%22%3A%20%20%20%22Test%20set%22%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20generate_embedding_plot(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_df_colored%2C%20x_col%3D%22TSNE_x%22%2C%20y_col%3D%22TSNE_y%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_col%3D%22color%22%2C%20point_size%3D6%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22tSNE%20ECFP6%20Chemical%20Space%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color_legend%3D_legend%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_path%3D%22..%2Fplots%2F1_sar_exploration%2Ftsne_ecfp6_chemical_space.png%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20Similar%20to%20the%20UMAP%20(not%20surprisingly)%2C%20we%20see%20little%20overall%20structure%2C%20and%20test%20compounds%0A%20%20%20%20broadly%20distributed%20but%20often%20within%20local%20clusters%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20MMP%20network%0A%0A%20%20%20%20Nodes%3A%20dose-response%2C%20counter-screen%2C%20and%20test%20compounds%20that%20have%20at%20least%0A%20%20%20%20one%20MMP%20partner.%0A%0A%20%20%20%20Edges%3A%20filtered%20MMP%20pairs%20(core_transform_ratio%20%3C%201.0).%0A%0A%20%20%20%20Node%20colour%20encodes%20dataset%20membership%20(same%20palette%20as%20the%20embedding%20plots).%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(generate_similarity_network%2C%20mmp_df_filtered%2C%20pl%2C%20plot_df_colored)%3A%0A%20%20%20%20_candidate_keys%20%3D%20set(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20plot_df_colored%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.filter(pl.col(%22in_dose_response%22)%20%7C%20pl.col(%22in_counter%22)%20%7C%20pl.col(%22in_test%22))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.get_column(%22inchikey%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.to_list()%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_edges%20%3D%20mmp_df_filtered.filter(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.col(%22ID1%22).is_in(_candidate_keys)%20%26%20pl.col(%22ID2%22).is_in(_candidate_keys)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_connected_keys%20%3D%20set(_edges%5B%22ID1%22%5D.to_list())%20%7C%20set(_edges%5B%22ID2%22%5D.to_list())%0A%20%20%20%20_network_df%20%3D%20plot_df_colored.filter(pl.col(%22inchikey%22).is_in(_connected_keys))%0A%0A%20%20%20%20print(f%22Nodes%3A%20%7Blen(_network_df)%7D%2C%20Edges%3A%20%7Blen(_edges)%7D%22)%0A%0A%20%20%20%20_legend%20%3D%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%23c0c0c080%22%3A%20%22Single%20dose%20only%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%236baed6%22%3A%20%20%20%22Dose%20response%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%231a3a6b%22%3A%20%20%20%22Counter%20screen%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%231a7a4a%22%3A%20%20%20%22Test%20set%22%2C%0A%20%20%20%20%7D%0A%20%20%20%20generate_similarity_network(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_network_df%2C%20%22inchikey%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20edges_df%3D_edges%2C%20node_size%3D16%2C%20layout_iterations%3D50%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20property_col%3D%22color%22%2C%20max_edges%3D15000%2C%20color_legend%3D_legend%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20save_path%3D%22..%2Fplots%2F1_sar_exploration%2Fmmp_network.png%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20That%20large%20component%20would%20suggest%20a%20subset%20of%20compounds%20with%20structure%20similarities.%0A%20%20%20%20However%2C%20most%20of%20the%20large%20components%20are%20composed%20of%20small%20molecules%2C%20and%20would%20not%0A%20%20%20%20form%20analog%20series%20as%20they%20are%20too%20diverse.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20%23%23%20Interactive%20t-SNE%20embedding%0A%0A%20%20%20%20Same%20t-SNE%20projection%20as%20above%2C%20rebuilt%20as%20an%20interactive%20Altair%20chart.%0A%20%20%20%20The%20coloring%20is%20meant%20to%20emphasize%20the%20dose%20response%20data%2C%20while%20still%20highlighting%20test%20compounds.%0A%20%20%20%20Hover%20over%20a%20point%20to%20see%20the%20compound%20structure%20and%20the%20datasets%20it%20belongs%20to%0A%20%20%20%20in%20the%20side%20panel.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20mo%2C%20np%2C%20pl%2C%20plot_df_colored%2C%20plt)%3A%0A%20%20%20%20%23%20Collect%20all%20columns%20needed.%0A%20%20%20%20_tsne_plot_df%20%3D%20plot_df_colored.select(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22inchikey%22%2C%20%22smiles%22%2C%20%22molecule_names%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22TSNE_x%22%2C%20%22TSNE_y%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22in_single_dose%22%2C%20%22in_dose_response%22%2C%20%22in_counter%22%2C%20%22in_test%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22pEC50_dr%22%2C%20%22pEC50_counter%22%2C%0A%20%20%20%20%5D)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Precompute%20a%20hex%20colour%20for%20every%20compound%20in%20Python%20so%20Altair%20receives%20a%0A%20%20%20%20%23%20single%20flat%20column%20%E2%80%94%20no%20layering%2C%20no%20Vega-side%20scale%2C%20no%20large%20JSON%20spec.%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%E2%80%A2%20DR%20compounds%20(pEC50_dr%20not%20null)%20%E2%86%92%20viridis%20gradient%20normalised%20to%20data%20range%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%E2%80%A2%20Test-only%20compounds%20(in_test%20%26%20no%20DR%20pEC50)%20%E2%86%92%20fixed%20red%20%23e15759%0A%20%20%20%20%23%20%20%20%E2%80%A2%20Everything%20else%20%E2%86%92%20light%20grey%20%23d0d0d0%0A%20%20%20%20_pec50_vals%20%3D%20_tsne_plot_df%5B%22pEC50_dr%22%5D.to_list()%0A%20%20%20%20_valid%20%3D%20%5Bv%20for%20v%20in%20_pec50_vals%20if%20v%20is%20not%20None%5D%0A%20%20%20%20_pmin%2C%20_pmax%20%3D%20min(_valid)%2C%20max(_valid)%0A%20%20%20%20_cmap%20%3D%20plt.get_cmap(%22viridis%22)%0A%0A%20%20%20%20def%20_assign_color(pec50_dr%3A%20float%20%7C%20None%2C%20in_test%3A%20bool)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20pec50_dr%20is%20not%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20norm%20%3D%20(pec50_dr%20-%20_pmin)%20%2F%20(_pmax%20-%20_pmin)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20r%2C%20g%2C%20b%2C%20_%20%3D%20_cmap(float(np.clip(norm%2C%200%2C%201)))%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f%22%23%7Bint(r*255)%3A02x%7D%7Bint(g*255)%3A02x%7D%7Bint(b*255)%3A02x%7D%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20in_test%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%23e15759%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%23d0d0d080%22%20%20%23%2080%20%3D%2050%25%20opacity%20in%20hex%20(128%2F255)%0A%0A%20%20%20%20_colors%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_assign_color(p%2C%20t)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20p%2C%20t%20in%20zip(_pec50_vals%2C%20_tsne_plot_df%5B%22in_test%22%5D.to_list())%0A%20%20%20%20%5D%0A%0A%20%20%20%20_tsne_plot_df%20%3D%20_tsne_plot_df.with_columns(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20pl.Series(%22point_color%22%2C%20_colors%2C%20dtype%3Dpl.Utf8)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%23%20Single-layer%20chart%20%E2%80%94%20colour%20and%20opacity%20driven%20by%20the%20precomputed%20column.%0A%20%20%20%20_sel%20%3D%20alt.selection_point(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20fields%3D%5B%22inchikey%22%5D%2C%20name%3D%22tsne_sel%22%2C%20empty%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20on%3D%22mouseover%22%2C%20nearest%3DTrue%2C%20clear%3D%22mouseout%22%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20_scatter%20%3D%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Chart(_tsne_plot_df)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.mark_circle(size%3D20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X(%22TSNE_x%3AQ%22%2C%20title%3D%22t-SNE%201%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(titleFontSize%3D13%2C%20labelFontSize%3D11))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22TSNE_y%3AQ%22%2C%20title%3D%22t-SNE%202%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20axis%3Dalt.Axis(titleFontSize%3D13%2C%20labelFontSize%3D11))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Use%20precomputed%20hex%20colours%20directly%20%E2%80%94%20scale%3DNone%20tells%20Altair%20to%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20treat%20the%20column%20values%20as%20literal%20colour%20strings.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.condition(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sel%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.value(%22%23f5c518%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Color(%22point_color%3AN%22%2C%20scale%3DNone%2C%20legend%3DNone)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20opacity%3Dalt.condition(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_sel%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.value(1.0)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Grey%20points%20are%20dimmed%3B%20coloured%20points%20are%20fully%20opaque.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.value(0.75)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20size%3Dalt.condition(_sel%2C%20alt.value(90)%2C%20alt.value(20))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22molecule_names%3AN%22%2C%20title%3D%22Name%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22inchikey%3AN%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22InChIKey%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22pEC50_dr%3AQ%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22pEC50%20DR%22%2C%20%20%20%20%20%20format%3D%22.2f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22pEC50_counter%3AQ%22%2C%20%20%20title%3D%22pEC50%20counter%22%2C%20format%3D%22.2f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.add_params(_sel)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.properties(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20title%3D%22t-SNE%20ECFP6%20chemical%20space%20%E2%80%94%20DR%20pEC50%20(viridis)%20%C2%B7%20test%20set%20red%20%C2%B7%20other%20grey%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20width%3D520%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20height%3D480%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_title(fontSize%3D12)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20.configure_view(stroke%3D%22transparent%22)%0A%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20tsne_interactive_chart%20%3D%20mo.ui.altair_chart(_scatter)%0A%20%20%20%20tsne_plot_df%20%3D%20_tsne_plot_df%0A%20%20%20%20return%20tsne_interactive_chart%2C%20tsne_plot_df%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(Chem%2C%20mo%2C%20rdDepictor%2C%20rdMolDraw2D%2C%20tsne_interactive_chart%2C%20tsne_plot_df)%3A%0A%20%20%20%20_PANEL_W%20%3D%20280%0A%20%20%20%20_PANEL_H%20%3D%20220%0A%0A%20%20%20%20def%20_smi_to_svg(smi%3A%20str%2C%20width%3A%20int%20%3D%20_PANEL_W%2C%20height%3A%20int%20%3D%20_PANEL_H)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Render%20a%20SMILES%20as%20an%20SVG%20string%20via%20RDKit%20MolDraw2DSVG.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mol%20%3D%20Chem.MolFromSmiles(smi)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20mol%20is%20None%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20rdDepictor.Compute2DCoords(mol)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20drawer%20%3D%20rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(width%2C%20height)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20drawer.DrawMolecule(mol)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20drawer.FinishDrawing()%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20drawer.GetDrawingText()%0A%0A%20%20%20%20def%20_strip_xml(svg%3A%20str)%20-%3E%20str%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20svg.split(%22%3F%3E%22%2C%201)%5B-1%5D.strip()%20if%20%22%3F%3E%22%20in%20svg%20else%20svg%0A%0A%20%20%20%20_sel_rows%20%3D%20tsne_interactive_chart.apply_selection(tsne_plot_df)%0A%0A%20%20%20%20if%20len(_sel_rows)%20%3D%3D%200%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_panel%20%3D%20mo.Html(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20style%3D'width%3A%7B_PANEL_W%7Dpx%3B%20height%3A%7B_PANEL_H%20%2B%20100%7Dpx%3B%20display%3Aflex%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20align-items%3Acenter%3B%20justify-content%3Acenter%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Agrey%3B%20font-size%3A14px%3B%20border%3A1px%20dashed%20%23ccc%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20border-radius%3A6px%3B%20text-align%3Acenter%3B%20padding%3A12px'%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20Hover%20over%20a%20point%20to%20see%20the%20compound%20structure%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20else%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_r%20%3D%20_sel_rows.row(0%2C%20named%3DTrue)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20Dataset%20membership%20badges%20%E2%80%94%20one%20per%20assay%20the%20compound%20appears%20in.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_badge_defs%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22in_single_dose%22%2C%20%20%22Single%20dose%22%2C%20%20%20%20%22%23e0e0e0%22%2C%20%22%23333%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22in_dose_response%22%2C%22Dose%20response%22%2C%20%20%22%236baed6%22%2C%20%22%23fff%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22in_counter%22%2C%20%20%20%20%20%20%22Counter%20screen%22%2C%20%22%231a3a6b%22%2C%20%22%23fff%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(%22in_test%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22Test%20set%22%2C%20%20%20%20%20%20%20%22%23e15759%22%2C%20%22%23fff%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_badges%20%3D%20%22%22.join(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22%3Cspan%20style%3D'display%3Ainline-block%3B%20background%3A%7Bbg%7D%3B%20color%3A%7Bfg%7D%3B%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22padding%3A1px%206px%3B%20border-radius%3A3px%3B%20font-size%3A10px%3B%20%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20f%22margin-right%3A4px%3B%20margin-bottom%3A2px'%3E%7Blbl%7D%3C%2Fspan%3E%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20key%2C%20lbl%2C%20bg%2C%20fg%20in%20_badge_defs%20if%20_r%5Bkey%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20)%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20pEC50%20lines%20%E2%80%94%20only%20shown%20when%20the%20assay%20was%20run%20and%20a%20value%20is%20available.%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_pec50_lines%20%3D%20%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_r%5B%22in_dose_response%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_val%20%3D%20f%22%7B_r%5B'pEC50_dr'%5D%3A.2f%7D%22%20if%20_r%5B%22pEC50_dr%22%5D%20is%20not%20None%20else%20%22n%2Fa%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_pec50_lines%20%2B%3D%20f%22%3Cb%3EpEC50%20DR%3A%3C%2Fb%3E%20%7B_val%7D%3Cbr%3E%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20_r%5B%22in_counter%22%5D%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_val%20%3D%20f%22%7B_r%5B'pEC50_counter'%5D%3A.2f%7D%22%20if%20_r%5B%22pEC50_counter%22%5D%20is%20not%20None%20else%20%22n%2Fa%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20_pec50_lines%20%2B%3D%20f%22%3Cb%3EpEC50%20counter%3A%3C%2Fb%3E%20%7B_val%7D%3Cbr%3E%22%0A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_svg%20%3D%20_smi_to_svg(_r%5B%22smiles%22%5D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_panel%20%3D%20mo.Html(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20style%3D'width%3A%7B_PANEL_W%7Dpx%3B%20font-family%3Amonospace%3B%20font-size%3A11px'%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20style%3D'padding%3A6px%3B%20background%3A%23f5f5f5%3B%20border-radius%3A4px%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20margin-bottom%3A4px%3B%20line-height%3A1.9'%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cb%3E%7B_r%5B'molecule_names'%5D%20or%20_r%5B'inchikey'%5D%7D%3C%2Fb%3E%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B_badges%7D%3Cbr%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B_pec50_lines%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%7B_strip_xml(_svg)%7D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22)%0A%0A%20%20%20%20mo.hstack(%5Btsne_interactive_chart%2C%20_panel%5D%2C%20align%3D%22start%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell(hide_code%3DTrue)%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.md(r%22%22%22%0A%20%20%20%20The%20interactive%20helps%20to%20show%20that%20PXR%20induction%20at%20uM%20level%20is%20widely%20distributed.%0A%20%20%20%20There%20are%20clusters%20of%20mostly%20low%20active%20compounds%20in%20the%20several%20sections%20of%20the%20plot.%0A%20%20%20%20This%20coloring%20scheme%20also%20highlights%20better%20than%20the%20other%20plots%20that%20test%20compounds%20(in%20red)%0A%20%20%20%20are%20found%20all%20over%20the%20chemical%20space%20in%20our%20data.%0A%20%20%20%20%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A